质疑回复函的格式通常需要包括以下几个部分：首先，要感谢对方的质疑，并表示对于他们对于问题的关注以及表达意见的重视。 然后，明确回复对方的问题或者质疑，并逐一进行回应。 最后，给出合理的解释和理由，并提供相关的支持材料或者证据来证明回答的可靠性。 一般来说，质疑回复函应该注意清晰明了，逻辑严谨，并且尽量避免使用模棱两可或推诿责任的措辞。