柏孜克里克千佛洞是由数百年前的突厥人所建，但由于时间的流逝以及历史上的战乱，洞穴在不同时期遭到了多次破坏。 最为严重的一次破坏发生在20世纪20年代，当时一场地震摧毁了洞穴的一部分。 此外，战争和盗窃也导致了洞穴中的许多佛像遗失。 尽管千佛洞曾多次受到破坏，但至今仍有许多古老的佛像和壁画保存完好，吸引着游客和研究人员前来一览其壮丽之处。