合作建房合同纠纷在确定管辖法院时，一般遵循以下原则：首先，可以根据合同约定进行管辖法院的选择；其次，可以根据被告住所地或者合同履行地的地域管辖原则确定管辖法院；最后，可以根据相关法律规定的专属管辖原则来确定管辖法院，例如，国家法律对特定建筑合同纠纷有专门的管辖法院进行规定。 根据具体情况，当事人可以综合考虑以上原则来确定合适的管辖法院。