国营企业破产员工补偿金的清算通常依照相关的法律法规进行，一般包括以下步骤：
首先，破产企业会成立破产管理人小组，负责破产程序的执行，其中包括员工补偿金的清算工作。
其次，根据国家相关法律规定或企业内部制度，破产企业会与员工进行协商，确定员工的补偿金金额。
补偿金的计算一般会考虑员工在企业工作的年限、岗位等因素，确保员工得到合理的补偿。
然后，在确定补偿金金额后，破产企业会根据其财务状况进行资金的筹集，并安排支付给员工。
这可能会包括破产企业自身的资金、各种债权债务的清偿以及政府的补助等渠道。
最后，根据破产程序的进行，破产管理人小组会监督并确保员工补偿金的清算工作合法合规，并定期向法院报告清算进展情况。
总的来说，国营企业破产员工补偿金的清算需要遵循相关法律法规，并保障员工的合法权益，以确保补偿金的支付合理有效。