治疗韭菜疫病最好的药物是百菌清，它是一种广谱抗菌剂，对韭菜疫病菌具有较好的抑制作用。
使用百菌清可有效控制病菌的繁殖，减轻病害的程度，有助于提高韭菜的抗病能力。
在使用百菌清时，应注意按照使用说明进行正确的施药剂量和频率，以避免对韭菜产生不良影响。
此外，韭菜疫病的防治还应注意一些常规的病虫害防治措施，如培养良好的生长环境，保持适宜的温度和湿度，及时清除病菌源和感染部位等。
定期巡查韭菜的生长情况，若发现病害症状及早采取措施进行防治，可有效降低疫病的发生率。
总的来说，治疗韭菜疫病最好用的药物是百菌清，但同时也要注意综合防治，采取多种措施保护韭菜的健康生长。