鸿星尔克官方旗舰店是鸿星尔克品牌在自己的平台上销售产品的店铺，而京东自营旗舰店是京东平台自己经营的品牌店铺。
最重要的区别是销售主体不同，鸿星尔克官方旗舰店由鸿星尔克品牌负责管理和销售，而京东自营旗舰店由京东平台直接负责运营。
此外，鸿星尔克官方旗舰店可能会提供更多的品牌官方活动和优惠，以及更多关于该品牌的资讯和服务；而京东自营旗舰店通常会有更多的商品种类和品牌选择，以及更多的销售促销活动和服务保障。
综上所述，鸿星尔克官方旗舰店和京东自营旗舰店的区别主要在于销售主体、品牌和商品选择、促销活动和服务保障等方面。
两者都有各自的优势和特点，消费者可以根据自己的需求和偏好进行选择。