首先，关税同盟是一个有限的贸易合作形式，成员国之间相互约定降低或取消彼此之间的关税和贸易壁垒，但仍保留对非成员国的单独关税政策。
而自由贸易区更进一步，成员国在贸易上不仅相互取消关税，还完全取消彼此之间的贸易壁垒，形成一个统一的市场。
其次，关税同盟的成员国在对非成员国的关税政策上保持一致，形成一个统一的关税政策。
而自由贸易区的成员国在对非成员国的关税政策上可以有所不同，每个成员国可以根据自己的利益制定独立的关税政策。
最后，关税同盟通常伴随着经济和政治的一体化，成员国之间需要进行更深入的协调和合作。
而自由贸易区更注重于贸易自由化，成员国之间的合作更以经济为主。
总之，关税同盟和自由贸易区在贸易合作形式、关税政策和合作方式等方面存在着明显的区别。
自由贸易区相比关税同盟更进一步，更为深入地实现了贸易的自由化和市场的统一。