交叉互换是非等位基因组的原因是，交叉互换会导致互换的染色体段中的基因顺序改变，从而改变了基因组的组合。 这样，子代的某一条染色体上的基因可能来自于父亲的一条染色体，而另一条染色体上的基因则来自于母亲的另一条染色体。 因此，交叉互换引起了非等位基因组的形成。 这种基因组的组成不同于亲代的基因组，使得子代具有更多的遗传多样性，并且有利于适应环境的变化。