在小说《黄金瞳》中，庄睿最终的感情归宿是和秦可卿在一起。 在故事的发展中，庄睿逐渐被秦可卿的坚强和聪明所吸引，并且两人在解决一系列的谜团和冒险过程中逐渐建立了深厚的情感联系。 庄睿对秦可卿倾心的原因不仅仅是她与自己一同经历了很多危险，而且还因为他欣赏她的勇气和智慧，两人在共同的目标和信任下逐渐培养出一段感情。 因此，庄睿最终选择和秦可卿在一起成为了他们之间最美好的结局。