根据《婚姻料理大结局》的情节发展，阿琴和杨树最终确实在一起了。 在故事的最后，经历了爱情的曲折和考验后，阿琴和杨树互相理解、支持和珍惜对方，最终战胜了种种困难。 他们通过艰难的婚姻料理实验，逐渐互相了解和接纳对方的优点和缺点。 他们懂得了婚姻需要相互的包容和忍让，并且学会了坦诚沟通，解决彼此之间的问题。 最终，他们决定携手走进婚姻的殿堂，展开了他们共同的美好未来。