根据提供的信息，无法确定濒危物种少女男主和女主是否在一起。 需要提供更多细节或背景故事，以便能够提供更准确的答案。 例如，他们之间是否存在感情，他们是否有共同的目标或价值观，以及他们是否克服了可能存在的障碍等。 只有在了解这些情况下，才能确定他们是否在一起。