《西游记》中金圣宫娘娘离开的原因是因为在唐僧和他的徒弟们与妖魔鬼怪斗争的过程中，金圣宫娘娘感受到了唐僧身上的佛法气息，深知唐僧是上天命令来取经的人选。 为了让唐僧顺利取得真经，金圣宫娘娘决定离开。 她的离去也可以视为对唐僧及其徒弟们的考验和锻炼。 虽然金圣宫娘娘离开了，但是她在后面的故事中仍然会出现并为唐僧等人提供帮助和指引。