波多黎各海沟和马里亚纳海沟中，马里亚纳海沟是更大的一个。 马里亚纳海沟位于西太平洋，是世界上最深的海沟，最深点达到了约11,034米。 而波多黎各海沟则位于大西洋，最深点为约8,648米。 马里亚纳海沟还是一个重要的地质构造，被认为是太平洋板块与菲律宾板块相碰撞所形成的，周围环境也更为复杂多样。 因此，从深度和地质构造上来说，马里亚纳海沟较波多黎各海沟更大。