菏泽牡丹机场目前只有一个航站楼。 该航站楼已经完成了一期工程，建成于2016年10月19日投入使用。 菏泽牡丹机场航站楼地面面积约为7837平方米，为旅客提供了舒适的候机大厅、登机口、行李提取区等基本设施和服务。 该航站楼设有3个登机口，能够满足旅客的登机需求。 未来随着航班运力的增加，可能会进行扩建，加设更多的航站楼，以满足不断增长的航空需求。