在《机巧魔神》中，男主角的选择取决于游戏玩家的决策。 因此，无法确定男主角选择了谁作为游戏进程中的伴侣或重要角色。 在游戏中，玩家可以根据自己的偏好、游戏情节、角色特点等因素来决定男主角的选择。 同时，不同的选择将导致不同的游戏发展和结局，为游戏增加了一定的多样性和可重复性。 因此，无法给出确定的答案，而需要玩家通过自己的决策来揭示出机巧魔神男主选择了谁这一问题的答案。