教师资格认定申请表应该是由申请者填写完毕后，随其他所需材料一同装入档案袋中递交给相关部门或机构的。 档案袋可以保护申请表免受损坏或丢失，并方便整理和查阅。 将申请表放在档案袋中可以确保档案的完整性和可靠性，并便于组织者进行审核和评估申请者的资格。 因此，教师资格认定申请表应确实存放在档案袋里。