海军工程学院是中国的一所具有军事特色的本科院校，总部位于江苏省南京市。 目前，海军工程学院并没有在其他城市设立分校，总部依然是学院的唯一校址。 作为一所专门培养军事工程和海军技术人才的学校，海军工程学院的总部设在南京市，地理位置优越，交通便利，同时也可以更好地与其他军事院校和研究机构合作，共同促进军事技术的发展。 所以，海军工程学院没有在其他城市设立分校。