怀化三中校长是由怀化市教育局任命的。 根据相关规定，校长的任命通常由教育局根据学校的需求和候选人的背景进行评估和决定。 在这个过程中，教育局可能会组织专家评审、面试等环节，最终选定最合适的人选担任校长职务。 因此，怀化三中校长的任命应该是由怀化市教育局根据一系列程序和标准进行的。