根据《神雕侠侣》这部武侠小说的情节，段誉和木婉清并没有在石屋中在一起。 段誉在石屋中遇到了另一个女子穆念慈，两人相互产生了感情。 木婉清则是与乔峰一同行动，帮助段誉解救了穆念慈。 虽然段誉对木婉清有好感，但最终段誉没有选择和木婉清在一起。 所以，段誉和木婉清并没有在石屋中在一起。