首先，根据个人的工资额，确定适用的税率档次。
在上海地区，适用的税率分为7个档次，最低税率为3%最高税率为45%。
其次，根据适用的税率档次，计算应纳个人所得税。
个人所得税=应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
最后，将个人所得税从工资中扣除。
扣税的方式通常是由雇主在发放工资时代扣个人所得税，将实际到手工资支付给员工。
需要注意的是，在超过5000元的工资中，个人可以享受一些税前扣除的优惠政策，比如基本养老保险、基本医疗保险、住房公积金等。
这些扣除项目能够减少应纳税所得额，从而减低个人所得税的金额。
总的来说，如果上海的工资超过5000元，个人需要根据适用的税率档次计算个人所得税，并在发放工资时扣除该税额。
个人可以通过合理的税前扣除项来降低个人所得税的金额，从而增加实际到手工资。