根据进度款申请表的具体情况和使用范围，决定一式几份。
一般来说，如果申请表需要由多个部门或者多个人员进行填写和审核，那么一式多份是必要的，以便于在不同部门间流转和记录。
而如果申请表只需要被个别人员填写，而且涉及到敏感信息或者机密性较高的项目，那么一式一份是更为安全和合适的做法。
当然，在制作和保留进度款申请表时，也要考虑到突发情况和意外事件的发生。
因此，建议至少准备3份进度款申请表。
其中一份用于申请方填写，一份用于审核方进行审批，一份作为备份存档。
这样一来，不仅可以确保资料的完整性和真实性，也能应对可能出现的意外情况，如文件丢失或损坏。
此外，为了进一步保证文件的安全性和机密性，建议使用安全传输方式传递申请表，比如加密传输或者密码保护的电子文档。
同时，对于纸质申请表，在交接和存储过程中，要保持机密性，避免未经授权的人员接触。
总而言之，根据具体情况和需求，一式几份的进度款申请表会有所不同，但至少准备3份是比较保险的做法。
同时，注意确保申请表的安全传输和机密性，以保护重要信息的安全。