据《婚姻料理》剧情，阿琴两姐妹并非亲生的，而是义姐妹关系。 剧中揭示了陈百祥饰演的丈夫林修真在意外事故后误认带回了一名女婴，将其视为亲生女儿养育。 然而，阿琴的真实身世揭示后，她推翻了自己的身分，并解释了她与自家阿霞（黄翠如饰）的关系。 因此，从剧情中可以明确得出结论，阿琴和阿霞并非亲生姐妹。