蛋白质工程和基因工程的根本区别在于其关注的方向不同。 蛋白质工程主要关注的是对蛋白质结构和功能进行改变和优化的技术，通过改变蛋白质的氨基酸序列来调整其性质，以此来满足特定需求。 而基因工程则是指通过改变基因序列来改变生物体的遗传基因信息，从而实现对生物体的性状和行为的控制。 简而言之，蛋白质工程是对蛋白质进行改造，基因工程是对基因进行改造。