海军司令部下属单位有舰队、舰队参谋部、舰队指挥部、舰队后勤部、舰队装备部、舰队医院、海军航空兵部队、潜艇部队、水面舰艇部队、海军陆战队部队、导弹艇部队、海军特种部队、海军航空兵团、潜水救援部队等。 这些单位分布在不同的地理位置，担负着海上作战任务的各个方面，包括舰艇作战、潜艇作战、航空作战、登陆作战等。 同时，海军司令部下属单位也需要协同其他军种和地方部队进行联合行动，实现海洋安全的维护。