处理大肠杆菌超标的方法包括：1. 加强卫生管理，保持环境清洁，定期对设施和设备进行清洗和消毒；2. 严格执行食品安全标准，确保食品加工、保存和销售的卫生安全；3. 提高食品加工处理的温度和时间，采取适当的杀菌措施，如高温烹调、蒸煮等；4. 定期对食品进行安全性检测，发现问题及时采取措施，防止扩散；5. 加强员工的卫生教育和培训，提高员工的食品安全意识，确保操作规范。